《圣经》，从创世纪到启示录，是基督科学的教义和实践的基础。就像创世纪第一章所说，我们是按神的 “形象和样式” 而创造的，耶稣的传道向我们展示了如何通过祈祷而了解我们的本质是灵性的。《圣经》里有关耶稣弟子及追随者的故事，以及旧约全书里有关亚伯拉罕、雅各布及摩西及其他先知的故事，都是疗愈的例子。
玛丽·贝格·爱迪认为，基督科学是受《圣经》启发而得到的深刻灵性认知，也就是灵性疗愈背后的神圣律法。这些不朽的律法影响到每一个人，其目的在于疗愈、拯救及造福每一个人。她的著作《科学与健康》包含 “圣经之钥匙” 的字眼，代表著《科学与健康》和《圣经》有不可分割的关系。描述基督科学时，她写道，“《圣经》是我唯一的典据”，及 “《圣经》包含着所有疗愈的配方”（《科学与健康》，126，406页）。基督科学有六个主旨，第一个主旨是：“作为 真理的信徒，我们以《圣经》的启示之 道作为我们达至永恒 生命的充分指引”（《科学与健康》，497页）。
每周的圣经课程提供自修的机会，是星期日礼拜的核心。主日学的学生都在20岁以下，其课程的基础是《十诫》、《主祷文》及《登山宝训》。星期三见证聚会的参与者朗读圣经引文，并分享如何把圣经课程的意义应用在日常生活里。