Η Αγία Γραφή, από τη Γένεση μέχρι την Αποκάλυψη, αποτελεί το θεμέλιο για τη θεολογία και την εφαρμογή της Χριστιανικής Επιστήμης. Ειδικότερα, η διακονία του Ιησού δείχνει ότι βιώνουμε τη θεραπεία και την αναγέννηση καθώς αναγνωρίζουμε, μέσω της προσευχής, την αληθινή φύση μας σαν πνευματικά όντα, πλασμένα «κατ' εικόνα και καθ' ομοίωση» του Θεού, όπως αναφέρει το πρώτο κεφάλαιο της Γένεσης. Άλλα παραδείγματα της πνευματικής θεραπείας μπορούμε να δούμε στις βιβλικές αναφορές για τον Αβραάμ, τον Ιακώβ, τον Μωυσή, τους προφήτες, τον Ιησού, και τους πλησιέστερους μαθητές και οπαδούς του.
Για την Mary Baker Eddy, η Χριστιανική Επιστήμη πήγασε από την εμπνευσμένη κατανόηση της Αγίας Γραφής, η οποία φώτισε τους θείους νόμους στους οποίους βασίζεται η πνευματική θεραπεία. Αυτοί οι νόμοι του Θεού είναι ισχυρές εντολές που είναι πάντα παρούσες και ενεργούν για να θεραπεύσουν, να λυτρώσουν και να ευλογήσουν την ανθρωπότητα. Ο τίτλος του πρωταρχικού της έργου, Επιστήμη και Υγεία, περιλαμβάνει την φράση «Κλειδί των Γραφών,» και αναφέρεται στην αδιάσπαστη σύνδεσή του με την Αγία Γραφή. Όταν περιέγραψε την ανακάλυψη της Χριστιανικής Επιστήμης, έγραψε, «Η Βίβλος ήταν η μόνη μου αυθεντία,» και «Η Βίβλος περιέχει τη συνταγή για κάθε θεραπεία» (Επιστήμη και Υγεία, σελ. 126, 406). Από τις έξι σύντομες αρχές της Χριστιανικής Επιστήμης, η πρώτη είναι: «Ως οπαδοί της Αλήθειας, πιστεύουμε ότι ο εμπνευσμένος Λόγος της Αγίας Γραφής επαρκεί για να μας οδηγήσει στην αιώνια Ζωή» (Επιστήμη και Υγεία, σελ. 497).
Ένα εβδομαδιαίο Βιβλικό Μάθημα προσφέρει ατομική μελέτη και είναι ο πυρήνας των λειτουργιών της Κυριακής. Το Κυριακάτικο Σχολείο για μαθητές έως 20 ετών, είναι βασισμένο στις Δέκα Εντολές, την Κυριακή Προσευχή, και την Επί του Όρους Ομιλία. Και αναγνώσματα από την Αγία Γραφή παρουσιάζονται επίσης στις συναθροίσεις μαρτυρίας στα μέσα της εβδομάδας, όπου οι συγκεντρωμένοι κοινοποιούν τους τρόπους με τους οποίους εφάρμοσαν τα πνευματικά μαθήματα των Γραφών σε πραγματικές δυσκολίες—μεγάλες και μικρές.