聖書が、その創世記から黙示録まで、キリスト教科学の神学と実践の基盤です。特にイエスの聖なる職務は、私たちが、祈りを通して、私たちの真の本性は霊的であること、また聖書の第1章、創世記が記録しているように、私たちは神の映像、また似姿に造られていることを認識すると、私たちはいかに癒しと再生を経験するかということを、例証しています。その他にも霊的癒しの例証が、イエスから直接学んだ弟子たち、彼の教えに従った者たち、また、旧約聖書の中のアブラハム、ヤコブ、モーセ、また預言者たちによって、示されています。
メリー・ベーカー・エディにとって、キリスト教科学は聖書の理解によって得られた霊感から、ほとばしり出たものでした、この理解が、霊的癒しの背後にある神性の法則を、照らしだしたのです。これらの神の法則は、強力な命令であり、常に現存し、人類を癒し、贖い、祝福するために働いています。彼女の主著、『科学と健康』の書名は、「聖書の鍵」という言葉を含み、キリスト教科学が聖書と不可分であることを示しています。キリスト教科学の発見について説明するなかで、彼女は次のように述べています：「聖書のみを私の根拠とした」、そしてまた、「聖書には、あらゆる癒しの処方が含まれている」（『科学と健康』pp. 126、406）。またキリスト教科学の教義は、短い６項目からなりますが、その第１項は、「真理を固く守る者として、私たちは『聖書』の霊感に満ちた言葉を、永遠の生命に導く十分な指針とします」（『科学と健康』、p. 497）という言葉です。
毎週の聖書教課は、個人的な勉強のためであると同時に、日曜礼拝の主要な部分となっています。20才までの生徒のための日曜学校は、十戒、「主の祈り」、「山上の垂訓」を基盤としています。そしてまた、聖書からの朗読が、週半ばの証しの会においても主要な部分となっています。証しの会に集まった人たちは、聖書が示す霊的な教えを、現実の生活で直面する大きなものから小さなものにいたるまで、さまざまの問題に適用した経験を分かち合います。